W trakcie badania ultrasonograficznego układu moczowego oceniane są przede wszystkim nerki, moczowody oraz pęcherz moczowy. Dodatkowo u mężczyzn oceniany jest stercz, czyli gruczoł krokowy. Narząd ten, mimo iż stanowi element męskiego układu płciowego, ma bezpośredni wpływ na funkcjonowanie układu moczowego stąd jego ocena uznawana jest za standard badania.

W dniu poprzedzającym badanie zaleca się spożywanie mniejszej ilości lekkostrawnych posiłków. Osoby z nadwagą lub ze skłonnościami do wzdęć mogą dodatkowo zastosować leki powierzchniowo czynne, eliminujące z jelit pęcherzyki gazu, np. simetykon. W dniu badania należy pozostać na czczo (przynajmniej 6-8 godzin przed badaniem). Około 1,5-2 godziny przed badaniem zaleca się wypić 1-1,5 litra niegazowanej wody i nie oddawać moczu – zapewni to prawidłowe wypełnienie pęcherza moczowego w momencie badania. W przypadku, kiedy występują trudności z utrzymaniem moczu w pęcherzu można ustalić z lekarzem indywidualny plan badania, np. zgłosić się na badanie odpowiednio wcześniej, wtedy lekarz rozpocznie badanie w momencie pierwszego uczucia potrzeby oddania moczu. Zalecane jest także, aby zabrać ze sobą na badanie dotychczasową dokumentację medyczną, zwłaszcza poprzednie wyniki badań obrazowych.